ディープスケーリングはスケーリングでの歯石除去だけでは効果が現れない時に行われます。スケーリングは主に歯肉縁上に出来た歯石を、手用スケーラーの鎌型スケーラーや超音波スケーラーを使って除去しますが、ディープスケーリングでは歯肉縁下の歯石を手用スケーラーの鋭匙型スケーラーや超音波スケーラーを使って除去します。
ディープスケーリングは歯周ポケット内に存在する歯石の除去に歯肉の炎症を改善してから行う必要があるので、プラークコントロールができてから行われます。歯肉縁下の深淵部分の歯石除去や、場合によっては歯肉を剥離して直視の状態での歯石の除去、そして歯周病菌の感染がある歯根表面を滑沢にする処置がおこなわれます。
歯周病の状態が進行していて、歯の周囲の骨が少ない場合には骨を再生させる歯周組織再生療法（GTR）などを行なう必要となる場合もありディープスケーリングは、歯周ポケットの深い部分までの処置を行う為麻酔処置が必要となることもあります。
スケーリングやディープスケーリング後は歯石が取れ症状が改善された為に、しばらく歯と歯の間に隙間ができたり、歯が長くなったように感じます。また スケーリングやディープスケーリングには熟練や経験が必要で、目に見えない部分も歯石の取り残しが無いよう治療を行う必要があります。
万が一、スケーリングやディープスケーリングで削りすぎた場合、特にディープスケーリングで治療されている歯肉縁下歯石は歯石の下にエナメル質が無い為傷付き易く知覚過敏や歯根膜の再付着を妨げる等の問題を引き起こす可能性があり、歯科医の技術が問われます。
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